液相色譜所用的儀器設備和操作條件也與氣相色譜不同，所以，液相色譜與氣相色譜有一定的差別。主要有以下幾方面：

　　1、操作條件及應用范圍不同：

　　對于氣相色譜，是加溫操作。僅能分析在操作溫度下能汽化而不分解的物質(zhì)，對高沸點化合物、非揮發(fā)性物質(zhì)、熱不穩(wěn)定化合物、離子型化合物及高聚物的分離、分析較為困難，致使其應用受到一定程度的限制，據(jù)統(tǒng)計只有大約20%的機物能用氣相色譜分析。

　　而液相色譜是常溫操作，不受樣品揮發(fā)度和熱穩(wěn)定性的限制，它非常適合相對分子量較大，難汽化，不易揮發(fā)或對熱敏感的物質(zhì)、離子型化合物和高聚物的分離分析，大約占有機物的70%~80%。

 

　　2、液相色譜儀能完成難度較高的分離工作：

　　a、氣相色譜的流動相載氣是色譜惰性的，基本不參與分配平衡過程，與樣品分子無親和作用，樣品分子主要與固定相相互作用。而在液相色譜中流動相液體也與固定相爭奪樣品分子，為提高選擇性增加了一個因素。也可選擇不同比例的兩種或兩種以上的液體做流動相，增加分離的選擇性。

　　b、液相色譜固定相類型多，如離子交換色譜和排阻色譜等，作為分析時，選擇余地大；而氣相色譜并不可能。

　　c、液相色譜通常在室溫下操作，較低的溫度，一般有利于色譜分離條件的選擇。

 

　　3、由于液體的擴散性比氣體的小105倍，因此，溶質(zhì)在液相中的傳質(zhì)速率慢，柱外效應就顯得特別重要；而在氣相色譜中，由色譜柱外區(qū)域引起的擴張可以忽略不計。

 

　　4、液相色譜中，制備樣品簡單，回收樣品也比較容易，而且回收是定量的，適合于大量制備，但液相色譜尚缺乏通用的檢測器，一起比較復雜，價格昂貴。在實際應用中，這兩種技術是相互補充的。

 

　　綜上所述，液相色譜具有柱效高，選擇性高，靈敏性高，分析速度快，重復性好，應用范圍廣等優(yōu)點，該法已成為現(xiàn)代分析技術的主要手段之一。目前在化學，化工，醫(yī)藥，生化，環(huán)保，農(nóng)業(yè)等科學領域獲得廣泛的應用。